Первое, что вам следует сделать, это настроить ваши сценарии так, чтобы они использовали правильный путь к интерпретатору Perl, который отвечает за реализацию сценариев. Для этого добавьте в начало файлов следующее:
#!/usr/bin/perl
Путь к Perl на сервере:
/usr/bin/perl